Die ers­ten Schutz­ge­bie­te im unte­ren Oder­tal ent­stan­den Anfang des 20. Jahr­hun­derts. Groß­flä­chig wur­de der Über­flu­tungs­pol­der bei Schwedt 1980 nach der RAM­SAR-Kon­ven­ti­on zum Feucht­ge­biet von Inter­na­tio­na­ler Bedeu­tung (FIB) erklärt. Heu­te ist der deut­sche Nationalpark

• auf sei­ner gan­zen Flä­che Natur­schutz­ge­biet (NSG),
• als Vogel­schutz­ge­biet nach euro­päi­schen Kri­te­ri­en Spe­cial Pro­tec­tion Area (SPA) Gebiet und
• nach inter­na­tio­na­len Kri­te­ri­en als Inter­na­tio­nal Bird Area (IBA) Gebiet geschützt sowie
• als FFH-Gebiet (Natu­ra 2000) gemäß der Flo­ra-Fau­na-Habi­tat-Richt­li­nie der euro­päi­schen Uni­on gemel­det und bestätigt.

Auch die pol­ni­schen Land­schafts­schutz­par­ke sind als Natu­ra-2000-Gebie­te der EU gemel­det. Zusam­men­fas­send lässt sich fest­stel­len, dass der Natio­nal­park auf deut­scher Sei­te nach allen Regeln des inter­na­tio­na­len, des euro­päi­schen, des bun­des­deut­schen und des bran­den­bur­gi­schen Natur­schutz­rech­tes geschützt ist.

Von 1992 bis 2000 wur­de das unte­re Oder­tal als Natur­schutz­groß­pro­jekt des Bun­des (Gewäs­ser­rand­strei­fen­pro­jekt) von der Bun­des­re­pu­blik Deutsch­land und dem Land Bran­den­burg geför­dert. Die natur­schutz­fach­li­chen Auf­la­gen für das Pro­jekt sind vom Bund im Mit­tel­ver­tei­lungs­schrei­ben an das Land und vom Land im Zuwen­dungs­be­scheid an den För­der­ver­ein fest­ge­legt wor­den. Sie sehen einen anspruchs­vol­len Natur­schutz vor.

Wie in einem Natio­nal­park üblich, steht auch im unte­ren Oder­tal an ers­ter Stel­le der Schutz der natür­li­chen Abläu­fe eines Öko­sys­tems. Hier soll Natur Natur sein dür­fen. Im neu­en Natio­nal­park­ge­setz von 2006 sind für die­sen Pro­zess­schutz, aller­dings ohne kon­kre­te Zeit­vor­ga­be für die Errei­chung die­ses Ziels, 50,1 Pro­zent des gut 10.000 Hekt­ar gro­ßen Natio­nal­parks vor­ge­se­hen. Bis­her sind ledig­lich 1.351 Hekt­ar als Wild­nis­ge­biet (Total­re­ser­vat, Zone I) aus­ge­wie­sen. Dort sind mensch­li­che Ein­grif­fe jeder Art untersagt.

Auf den übri­gen 50 Pro­zent, also gut 5.000 Hekt­ar, soll wei­ter­hin exten­si­ve Land­wirt­schaft unter natur­schutz­fach­li­chen Auf­la­gen mög­lich sein. Auf den Flä­chen des Natio­nal­park­ver­eins wird der frü­hest­mög­li­che Nut­zungs­zeit­punkt auf den 1. Juli fest­ge­setzt, bei einem Wach­tel­kö­nig- oder Seg­gen­rohr­sän­ger­be­satz auf den 15. August eines jeden Jah­res. Auch die Besatz­dich­te mit Nutz­tie­ren wird auf durch­schnitt­lich maxi­mal eine Groß­vieh­ein­heit pro Hekt­ar begrenzt. Bei den Wie­sen müs­sen die Rän­der der Gewäs­ser und Gehöl­ze aus­ge­grenzt wer­den, bei der Mahd sol­len wech­seln­de Strei­fen als Rück­zugs­ge­bie­te für die Wie­sen­be­woh­ner ste­hen gelas­sen wer­den. Auf die­sen exten­siv genutz­ten Wei­den und Wie­sen wird also, anders als auf den Wild­nis­flä­chen, nicht prio­ri­tär Pro­zess­schutz, son­dern auch Arten­schutz betrie­ben, wobei man sich auf eini­ge beson­ders prio­ri­tä­re Arten kon­zen­triert hat, wie den Seg­gen­rohr­sän­ger (Acro­ce­pha­lus palud­ico­la), den Wach­tel­kö­nig (Crex crex) oder auch die Brenn­dol­den (Cni­di­um). Lan­ge ist im Vor­feld dar­über dis­ku­tiert wor­den, ob bei einem Schutz des Gebie­tes als Bio­sphä­ren­re­ser­vat die Kul­tur­fol­ger, bei­spiels­wei­se der Weiß­storch (Cico­nia cico­nia), aber auch die Wie­sen­brü­ter bes­se­re Lebens­be­din­gun­gen auf exten­siv bewirt­schaf­te­ten Flä­chen fän­den als in der Wild­nis. In der Tat pro­fi­tie­ren von einer Nut­zungs­auf­ga­be und von der natür­li­chen Suk­zes­si­on ande­re Arten als von einer exten­si­ven Land­wirt­schaft. Da bei­de Argu­men­te und Ansät­ze etwas für sich haben, hat man sich am Ende dar­auf ver­stän­digt, den Natio­nal­park hälf­tig für die öko­lo­gi­sche Land­wirt­schaft und damit für den Bio­top- und Arten­schutz offen zu hal­ten (Zone II) und hälf­tig der Wild­nis­ent­wick­lung zu öff­nen (Zone I).