Im Nationalparkgebiet erfolgten bis 1998 umfangreiche Untersuchungen der Fauna und Flora. Dabei wurden insgesamt 1726 Pflanzenarten fest-gestellt, die sich zu 90 Vegetationstypen und 44 Pflanzengesellschaften, davon 12 Wasserpflanzengesellschaften zusammenfassen lassen. 150 der im Untersuchungsgebiet nachgewiesenen Pflanzenarten stehen auf der Roten Liste der Bundesrepublik Deutschland, 303 auf der Roten Listen Brandenburgs, 24 Pflanzengesellschaften sind in den Gefährdungskategorien 1 und 2 der Roten Liste der gefährdeten Biotoptypen der Bundesrepublik Deutschland eingestuft. Fast jede sechste Rote Liste Art der Bundesrepublik Deutschland und fast die Hälfte der Rote Liste Arten des Landes Brandenburg kommen im Unteren Odertal vor.