
Die ersten Schutzgebiete im Unteren Odertal entstanden Anfang des 20. Jahrhunderts. Großflächig wurde der Überflutungspolder bei Schwedt 1980 nach der RAMSAR-Konvention zum Feuchtgebiet von internationaler Bedeutung (FIB) erklärt. Heute ist der deutsche Nationalpark
Auch die polnischen Landschaftsschutzparke sollen als Natura-2000-Gebiete der EU gemeldet werden. Zusammenfassend lässt sich feststellen, dass der Nationalpark auf deutscher Seite nach allen Regeln des internationalen, des europäischen, des bundesdeutschen und des brandenburgischen Naturschutzrechtes geschützt ist.
Von 1992 bis 2000 wurde das Untere Odertal als Naturschutzgroßprojekt des Bundes (Gewässerrandstreifenprojekt) von der Bundesrepublik Deutschland und dem Land Brandenburg gefördert. Die naturschutzfachlichen Auflagen für das Projekt sind vom Bund im Mittelverteilungsschreiben an das Land und vom Land im Zuwendungsbescheid an den Förderverein festgelegt worden. Sie sehen einen anspruchsvollen Naturschutz vor.
Wie in einem Nationalpark üblich, steht auch im Unteren Odertal an erster Stelle der Schutz der natürlichen Abläufe eines Ökosystems. Hier soll Natur Natur sein dürfen. Im neuen Nationalparkgesetz von 2006 sind für diesen Prozessschutz, allerdings ohne konkrete Zeitvorgabe für die Erreichung dieses Ziels, 50,1 Prozent des gut 10.000 Hektar großen Nationalparks vorgesehen. Bisher sind lediglich 1.351 Hektar als Wildnisgebiet (Totalreservat, Zone I) ausgewiesen. Dort sind menschliche Eingriffe jeder Art untersagt.
Auf den übrigen 50 Prozent, also gut 5.000 Hektar, soll weiterhin extensive Landwirtschaft unter naturschutzfachlichen Auflagen möglich sein. Hier wird der frühestmögliche Nutzungszeitpunkt auf den 1. Juli festgesetzt, bei einem Wachtelkönig- oder Seggenrohrsängerbesatz auf den 30. August eines jeden Jahres. Auch die Besatzdichte mit Nutztieren wird auf durchschnittlich maximal eine Großvieheinheit pro Hektar begrenzt. Bei den Wiesen müssen die Ränder der Gewässer und Gehölze ausgegrenzt werden, bei der Mahd sollen wechselnde Streifen als Rückzugsgebiete für die Wiesenbewohner stehen gelassen werden. Auf diesen extensiv genutzten Weiden und Wiesen wird also, anders als auf den Wildnisflächen nicht prioritär Prozessschutz, sondern auch Artenschutz betrieben, wobei man sich auf einige besonders prioritäre Arten konzentriert hat, wie den Seggenrohrsänger, den Wachtelkönig oder auch die Brenndolden.