Auch vor der Gründung des Nationalparkes wurde intensiv diskutiert, welcher Schutzstatus sich für die Auenlandschaft mit ihrer starken anthropogenen Überformung am besten eignet, die eines Naturparkes, die eines Biosphärenreservates oder eines Nationalparkes. Wenn sich die Brandenburger Politik in zwei aufwendigen Gesetzgebungsverfahren 1995 und 2006 dennoch für den Nationalparkstatus entschieden hat, dann auch deswegen, weil das Untere Odertal sicher die Flusslandschaft in Deutschland ist, die sich am besten für einen Nationalpark eignet. Ein an der Elbe kurzfristig geschaffener, den Fluss begleitender, sehr schmaler Nationalpark ist ja nach wenigen Jahren wieder aufgehoben worden, in Deutschland bisher ein einmaliger Vorgang. Dennoch war allen Beteiligten klar, dass, anders als das polnische Zwischenoderland zwischen Ost- und Westoder, der südliche deutsche Teil noch keine Nationalparkqualität hat, er ist vielmehr ein Nationalpark im Werden und Wachsen, ein Entwicklungsnationalpark. Perspektivisch sollen nach dem Willen des Brandenburger Gesetzgebers 50 Prozent aus der Nutzung genommen und als Totalreservate Zone I und Zone II ausgewiesen werden und 50 Prozent weiterhin landwirtschaftlich, wenn auch extensiv, genutzt werden.
Das wird aber erst mit Abschluss der laufenden Unternehmensflurneuordnung möglich sein, die aber noch viele Jahre auf sich warten lässt, da die zuständigen Brandenburger Behörden den privaten Nationalparkverein schwerpunktmäßig in die Totalreservatszonen einweisen wollen, letztendlich, wie sie selber zugeben, um ihn auf diese Weise als lästige Konkurrenz für staatliches Verwaltungshandeln auszuschalten. Heute sind daher erst rund 15 Prozent der Nationalparkfläche vom Gesetzgeber als Totalreservat ausgewiesen, faktisch gibt es aber schon mehr Flächen, die nicht mehr oder nicht mehr so intensiv genutzt werden.
Ein wesentlicher Grund, warum der einzige Nationalpark Brandenburgs heute und auf absehbare Zeit noch weit davon entfernt ist, wenigstens die geforderten 50 Prozent (international sind es bereits 75 Prozent) an ausgewiesenen Totalreservaten vorzuweisen, liegt also darin, dass die zuständigen Brandenburger Behörden nicht dem Land Brandenburg die bereits ausgewiesenen oder geplanten Totalreservate zuweisen, obwohl das Land Brandenburg im Verfahrensgebiet der Unternehmensflurneuordnung über mehr als genug Flächen verfügt, sondern dem kleinen, privaten Nationalparkverein. Das ist einmalig in Deutschland. In allen anderen Schutzgebieten übernimmt das Land, das Totalreservate ausweist, diese auch ins Eigentum und belastet damit nicht private Eigentümer.
Neben dieser Verzögerung der Nationalparkverwirklichung durch die Brandenburgische Landesregierung selbst gibt es aber weitere Problemfelder, mit denen sich der Naturschutz auseinandersetzen muss. In der Regel handelt es sich dabei um Interessengegensätze, wie sie überall auf der Welt in und um Naturschutzgebiete existieren. Für alle diese Problemfälle gibt es aber Lösungen, mit denen beide Seiten leben können. Daran muss allerdings noch gearbeitet werden. Unüberwindliche Gegensätze gibt es nicht.
Im Folgenden werden sechs typische Problemfelder beschrieben:
